Senoji mokykla buvo dvikomplektė. Nuo 1946 m. mokyklos vedėja paskirta Petronėlė Janušauskienė. 1947-48 m. m. pradinė mokykla reorganizuota į progimnaziją ir atidaroma vidurinės mokyklos penkta klasė. Pirmas direktorius Pranas Bilius. 1948-49 m. m. penkta klasė uždaroma, nes nėra pakankamai mokinių, tuo metu mokėsi apie 140 - 160 vaikų. Direktorius Vytautas Didžbalis. 1949-50 m. m. mokykla perorganizuojama į septynmetę, kuriai vadovauja Stasys Venslavičius. 1952-53 m. m. leidžiama prie septynmetės mokyklos atidaryti aštuntą klasę. 1954-55 m. m. Kulautuvoje pradeda veikti priauganti vidurinė mokykla, kurioje mokėsi apie 200 mokinių. Direktorius V.Bačkys, o nuo 1956-57 m. m. S.Stropus. Per 1958 metų potvynį mokykla daugiau kaip savaitę buvo apsemta. 1958 m. gegužės 24 dieną nuaidėjo skambutis pirmajai abiturientų laidai, 13 abiturientų. Auklėtoja K.Vaidelienė, direktorius A.Valionis. Mokyklos direktoriai keitėsi labai dažnai. 1947-1983 m. mokykloje dirbo 12 direktorių. 1959-60 m. m. direktorius - J.Stackevičius. 1960-62 m. m. - direktorė V.Smilgienė. 1961–66 m. mokyklai vadovavo reiklus ir principingas direktorius J.Akavickas. 1966–73 m. mokyklos direktoriumi paskirtas jaunas, gabus lituanistas Simonas Kuzmickas. Jam direktoriaujant 1966 m. vasario 13 d. duris atvėrė nauja trijų aukštų mokykla, kurioje mokėsi 200 vaikų. 1973-78 m. mokykloje mokėsi daugiausiai mokinių - 300-320. Mokyklai tais metais vadovavo lituanistas Stasys Orantas. Dar labiau savo valdas mokykla išplečia direktoriaujant J.Mališauskienei. 1981 m. baigtas statyti mokyklos priestatas su erdvia valgykla ir sporto sale. Nuo 1983 iki 2008 metų mokyklai vadovavo matematikas Ramūnas Dimša, ilgiausiai šioje mokykloje išdirbęs direktorius. Jo vadovavimo laikotarpis apima du dešimtmečius, per kuriuos įvyko didelių pasikeitimų ir visuomeniniame ir politiniame gyvenime. Nuo 2008 m. iki 2017m. direktorės pareigas eina R.Špakauskaitė-Kučinskienė. Nuo 2017 m. direktorės pareigas eina Irena Lodienė. Nuo 2020 m. liepos mėn. mokyklos direktorė Jolita Velžienė.